Deux ans, deux longues années se sont écoulées depuis la grande guerre qui changea la face du monde avec la mort d'une légende : Barbe Blanche. Et le moins que l'on puisse dire, c'est que le monde connu de tous a bien changé en deux ans.
Une nouvelle faction dirigée par une personne nommée Marde Guille vient de faire surface. Bien que toujours dans l'ombre, ses ambitions, concrétisée par un plan machiavélique prennent de l'ampleur. Son but ? Renverser le gouvernement mondial afin de régner sans partage sur le monde. Pour y parvenir, il a formé une armée composée de pirates et marines surpuissants. Tous sont sous son contrôle et ne demandent qu'à obéir.

Pour parvenir à ce rêve, Marde a reçu le soutient du plus terrifiant des Shichibukai : Donquixote Doflammingo. Le corsaire lui livre une partie des pirates et des marines qui transitent sur son île, ceux qui lui semblent les plus aptes à le servir, en échange de la protection de son business. Afin de prouver sa bonne fois, Doflamingo a livré l'intégralité de l'équipage des Mugiwara afin qu'ils rejoignent les rangs de Marde.

Par chance, la moitié de l'équipage a réussi à prendre le large. La seconde, elle, grossi désormais les rangs de l'homme qui menace le monde. La Marine, celle ne lui étant pas assujettie, ne sait plus où donner de la tête. Entre Marde Guille qui menace l'équilibre du monde, Barbe Noire qui y voit l'opportunité de s'approprier une bonne fois pour toute le titre de seigneur des pirates, l'équipage de Barbe Blanche qui se reforme dans le seul but de reprendre les territoires volés par leur ancien coéquipier, ainsi que la menace que représente Dragon. Car oui, le chef de la révolution est entré en action et souhaite, lui aussi, en finir avec le gouvernement mondial tout en renvoyant Marde Guille, le nouveau venu, aux ombres dont il s'est échappé.

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