Héros, Vilains... Des mots qui résonnent dans la tête des fans de Comics Américains. Ces êtres, autrefois chimères, sont désormais réels. Dans un monde où 80 % de la population a développé des Super-pouvoirs, appelés Alter, des êtres sans scrupules en profitent pour les utiliser dans de mauvaises intentions. Des héros apparaissent alors, protégeant la veuve et l'orphelin de ces êtres maléfiques, devenant finalement des fonctionnaires, pris en charge par l'état, bousculé dans ses habitudes dans un monde où tout un chacun peut posséder un pouvoir destructeur.

L'histoire se centre sur le Japon, où le numéro un des héros, All Might, est un véritable symbole de paix. C'est ici que se trouve l'école de Yuei, spécialisée dans la formation de nouvelles générations de héros. Au centre de tout ça, les Villains commencent peu à peu à montrer le bout de leurs nez, dont un groupe potentiellement dangereux, La Ligue des Vilains, désirant renversé l'ordre héroïque mondial, considérant les héros actuels comme de simples parodies des vrais et courageux héros...